Lagring eller modning blødgør whiskyen, mens den oplagres. Alkoholen, tilsat lidt vand, lagres på fade af egetræ. Efter engelsk lov skal whisky lagre i minimum 3 år, og for at kunne bære betegnelsen skotsk whisky skal denne lagring foregå i Skotland.
Mange whiskyer ser ud til at nå den perfekte farve og smag efter 10 til 15 år, og det er således en populær alder på de førende mærker. Ved en højere alder får nogle whiskyer en ubehagelig træsmag, mens andre kan blive op til et halvt århundrede uden problemer. Derfor er destillatører og whiskyblendere mere interesseret i modenhed end i alder. Der er dog ikke enighed om, hvorvidt det hjælper at holde lagerbygningen på en konstant temperatur eller at bruge ventilatorer til at cirkulere luften. Under lagringen foregår der blandt andet en iltning af visse stoffer i whiskyen. Der trækkes også smagsstoffer og farve ud af træet. Forskning tyder på at der kommer vanilin og tannin ud fra egetræet.
Efter tapning på flaske lagrer/modner whiskyen ikke længere i modsætning til f.eks. cognac.